中國科學院合肥物質科學研究院（以下簡稱合肥研究院）是中國科學院在安徽設立的一個綜合性科研基地和人才培養基地，成立于2001年11月。合肥研究院位于合肥市西郊風景秀麗的董鋪島上，面積2.65平方公里。島上三面環水，綠樹成蔭。江澤民總書記1998年蒞臨視察時對這里的科研環境給予了很高評價，并欣然題詞“科學島”，由此科學島成為合肥研究院的別名。 　

　　合肥研究院下屬10個研究所。在安徽光學精密機械研究所、等離子體物理研究所、固體物理研究所、合肥智能機械研究所4個老牌研究所基礎上，自2006年起至2015年，陸續成立了強磁場科學中心、先進制造技術研究所、醫學物理與技術中心、技術生物與農業工程研究所、核能安全技術研究所、應用技術研究所。截至2016年7月，在職職工2500余人，其中專業技術人員2000余人，高端科技專家如兩院院士、萬人計劃、千人計劃、杰出青年基金獲得者、“973”首席科學家、“863”計劃專家、關鍵技術人才等300多人。設有5個博士后站點，在站博士后73人。設有12個博士點和25個碩士點，在讀研究生1600余人。自2014年起，合肥研究院招收的研究生全部擁有中國科學技術大學學籍。 　

　　合肥研究院長期承擔著眾多國家科研任務，主要研究領域涉及能源、環境、生物、材料、信息、國防，主要學科方向有磁約束核聚變科學與技術、先進核能與核安全技術、大氣環境探測與監測技術、強磁場科學與技術、特殊環境服役材料、機器人與智能裝備、現代農業技術、醫學物理與技術以及國防戰略高技術等。2015年獲得國家自然科學基金項目169項，居全國科研機構第一位。 　

　　隨著科研事業的發展，合肥研究院建成了20多個裝備優良的國家或省部級重點實驗室、研究中心和10多個大型技術物理實驗平臺，包括EAST核聚變實驗裝置、EAST輔助加熱系統、穩態強磁場等三個大科學工程，辦有《Plasma Science and Technology》等5個學術刊物，是中國主要的核聚變研究基地之一，是世界實驗室在我國設立的核聚變研究中心，也是中國科學院重要的科技創新基地。 

　　2005-2015年，合肥研究院獲得國家科技獎共19項，其中國家科技進步獎-創新團隊獎1項，國家科技進步一等獎4項、二等獎6項，國家自然科學二等獎3項，國家技術發明二等獎2項，國家國際科技合作獎3項；獲得安徽省科學技術獎28項。2005-2014年發表的SCI收錄論文累計被引用4117篇，在全國科研機構排名第7位，Nature Index 2015 綜合指數位列全國科研機構第8位，SCI論文數量在全國科研機構中連續多年排名第3位。2015年發明專利申請量在全國科研機構中排名第四位。 　

　　2014年6月，合肥研究院成立了中科院合肥技術創新工程院，專門承擔科技成果產業化工作。以此為中心，建設了銅陵皖江新興產業技術發展中心（輻射皖南）和淮南新能源中心（帶動皖北），形成了“一主兩翼”的院地合作格局，并在多個縣區設立項目示范基地，和企業聯合成立了安徽省新能源汽車等8個產業技術創新聯盟，構建了服務當地經濟發展的科技成果轉移轉化體系。合肥研究院設有資產管理公司，直接投資或與社會資源合作成立控股參股公司36家。